این انجمن بعنوان یک سازمان مردم نهاد با هدف ارتقائ سطح علمی و کیفیت مجلات علوم پزشکی کشور ، اعتبار بخشی آنها در سطح بین المللی، ایفای نقش مشورتی برای وزارتخانه ها و سازمانهای متبوعه و نیز تلاش در ارائه الگوی استاندارد انتشار مجلات علوم پزشکی در جمهوری اسلامی ایران در سال 1378 تشکیل گردید.
در تاریخ چهاردهم تیرماه جلسه ای با حضور عده ای از اعضا هیئت موسس و هیئت مدیره انجمن از جمله آقایان دکتر فریدون عزیزی (رئیس انجمن)، دکتر کاظم محمد مدیر گروه اپیدمیولوژی و آمار زیستی دانشگاه علوم پزشکی تهران، دکتر علی غفوری رئیس بخش جراحی بیمارستان دکتر شریعتی و دکتر محمد رضا صادقی سردبیر مجله باروری و ناباروری در محل پژوهشکده علوم غدد درون ریز و متابولیسم تشکیل گردید.
این انجمن بعنوان یک سازمان مردم نهاد با هدف ارتقائ سطح علمی و کیفیت مجلات علوم پزشکی در این جلسه علاوه بر تاکید به لزوم از استمرار فعالیتهای انجمن ، قرار بر این گذاشته شد تا مجمع عمومی انجمن در آبان ماه سال جاری تشکیل شده تا ضمن انتخاب هیئت مدیره جدید ، گروههای کاری برای دستیابی به اهداف انجمن تعیین گردد. همچنین مقرر شد تا ضمن ارسال دعوتنامه برای اعضا، از آنها خواسته شود تا چنانچه در راستای تحقق اهداف انجمن راهکاری دارند، بصورت مکتوب برای دفتر انجمن ارسال نموده تا توسط هیئت مدیره بررسی و در صورت صلاحدید در مجمع عمومی به بحث گذاشته شود.